বার্ধক্যজনিত কারণে হাটহাজারী মাদ্রাসা থেকে আল্লামা জুনায়েদ বাবুনগরীকে চট্টগ্রাম নগরের সিএসসিআর নামক একটি বেসরকারি হাসপাতালে নিয়ে যাওয়া হয়। সেখানেই তার মৃত্যু হয়।